Наша игра начнется после серий Shipuden. Организация "Акацуке" строит новые планы по захвату демонов, Наруто обитает в своей деревне. Саске у Орочимару(хотя сейчас он уже со своей командой). Гаара в селение песка казекаге и мечтает вернуть демона. У "Акацуке" появляется план наподения на Коноху. Песочного демона запечатывают в Зецу. Но... их планы обравает превращения в девятихвостого Наруто, и присутствие в это время бывшего хозяина демона Гаары.
После возвращения в Суну Гаара покидает деревню, становясь преступником. Всё это ради того, чтобы возвратить демона. Путешествия по лесам, он возвращается к своей прежней философии- «я живу для того чтобы убивать и пока я убиваю -я жив». Слухи про него доходят до организации «Акацуке». Его ловят во второй раз, но на этот раз с предложение о вступлении в организацию. В обмен он просит заточить демона обратно. Его желание исполняется.
Саске после убийства Орочимару ищет Итачи для мести. Сейчас он набирает организацию «Змей». Его ищут Наруто и Сакура для того, чтобы вернуть его в Коноху. Команду Какаши (Наруто, Сакура, Шино, Киба и Хината) отправляют на поиски одного из «Акацк»- Итачи. Пути друзей расходятся, но цель одна. Встреча с «Акацуке» заканчивается проигрышем команды Какаши. В плен берётся Хината. Сакуре и Наруто предлагают вступить в организацию, не отбирая демона и найти Саске. Сакура соглашается, Наруто, немного поколебавшись тоже. Какаши, вернувшись в деревню без половины команды, вынужден объявить Наруто и Сакуру преступниками. «Вынужденные преступники» знакомятся со всеми членами организации. (по нашему сюжету Какузу и Хидан живы, как и Сасори).
Хокаге-сама начинает поиск «обновленной» организации. Зная, для чего им нужен Наруто, на это раз она отправляет Ямато и Какаши на поиски.
Хокаге-сама начинает поиск «обновленной» организации. Зная, для чего им нужен Наруто, на это раз она отправляется вслед за ними сама, прихватив с собой Ямато и Какаши. Шизуне становится ИО Хокаге.
Кабуто, имплантировав в себя руку Орочимару, вскоре подчиняется воле саннина  и становится его очередным телом. Но, тело Кабуто многим уступает телу Саске и на этот раз Орочи решает силой забрать тело.
Мадара Учиха(Тоби)  пытается вернуть в мир шиноби своего отца, демон Соджибо. Демона, от которого и начался род Учих. Но этот демон грозит уничтожением мира шиноби. Это понимает Итачи и пытается противостоять своему сенсею. Дейдара, давно имевший зуб на Итачи решает помочь Мадаре. Для выпуска демона требуется одно правило: нужны 3 Учихи.